党的十五大之后，省委组织部按照省委的决策部署持续加强农村基层党组织建设。从1998 年7 月开始，主要采取了三项措施：一是加强村级组织整顿建设。坚持分类指导、整体推进，对后进村，突出解决治穷的问题，不同程度地改变了2000 多个后进村的落后面貌；对中间状态村，建立完善竞争激励机制，激发了内在活力；对经济强村，及时总结、选树推广了一些先进经验。二是加强对农村基层干部的培训和基层民主法制建设。制定《关于对全省农村基层干部进行教育培训的意见》，总结推广威海进行村委会直选工作的经验做法，提出了发挥党组织领导作用、保证村委会直选工作顺利进行的具体要求。三是加强乡镇党委建设。继续推广威海市汪疃镇的党建经验，在乡镇干部中开展“爱民、为民、富民、利民、安民”教育，全省创办1 万多个示范服务基地、参与乡镇干部5 万多人，增强了基层干部的宗旨意识和群众观念。
1998 年，我省组织开展了第六届村民委员会换届选举，全面实行村委会直选。针对村委会换届直选后出现的新情况、新问题，1999 年11 月，省委、省政府印发《关于进一步加强和改进以党支部为核心的村级组织建设的意见》，明确要求在发挥村党支部领导作用、提高村级班子整体战斗力上下功夫。该意见指出，要加强教育培训，建设高素质的村级干部队伍，开展对村党支部、村民委员会的性质、地位、相互关系和民主集中制等方面的教育；要规范村“两委”工作，增强班子整体功能，鲜明提出“村党支部和村民委员会是领导和被领导的关系”“村党支部领导村各种组织和各项工作”“村民委员会是基层群众性自治组织，在村党支部领导下，推进村级民主决策、民主管理、民主监督”；要加强制度建设力度，提高村党支部战斗力，明确规定“鼓励党支部书记和党支部其他成员经过法定选举程序兼任村民委员会主任、村民委员会成员；村民委员会主任和村民委员会其他成员是党员且具备条件的，要按照党内选举的有关规定和程序，及时充实进党支部班子”，等等。这一系列政策措施，进一步强化了村党支部的领导地位，为促进农村经济等各项事业的健康发展和社会稳定，保证党在农村改革和发展目标的实现，发挥了十分重要的作用。2000 年10月，省委组织部印发《关于“两推一选”农村党支部成员的意见》，全面推行“两推一选”，公开选拔农村党支部成员，全省103 个县( 市、区)、1178 个乡镇、2.3 万个村通过这一方式选拔农村党支部成员3 万多人。2000 年12 月，省人大常委会颁布《山东省实施< 中华人民共和国村民委员会组织法> 办法》，进一步明确了村委会的职责和工作程序、村党组织的领导地位。
党的十五大之后，省委对加强农村基层党组织建设高度重视，鼓励支持各地开展一系列实践探索。当时，威海创造的“发挥党支部领导作用、开展村委会直选和以服务农民致富为目标”的“汪疃经验”等做法，在全省乃至全国都起到了很好的示范引领作用，这也为后来省委、省政府决策提供了有益参考。
在1998 年村民委员会组织法颁布实施后，对村级事务的领导权一度出现了争议。威海作为全省村“两委”换届选举试点，旗帜鲜明地提出了“村党组织领导村内各种组织和各项工作”“村委会在党组织领导下依法行使职权”的政策导向，探索实行村党支部书记和村委会主任“一人兼”，村“两委”成员交叉任职，有力回应了谁领导谁的问题。这一经验随后被中组部、省委组织部予以推广，相关做法也写进了省里的《关于进一步加强和改进以党支部为核心的村级组织建设的意见》《关于“两推一选”农村党支部成员的意见》等文件。这几个意见的接连出台，进一步深化了“莱西会议”精神，确立了党组织在农村的领导地位，规范理顺了村“两委”关系，提高了村民自治水平，也推动了村级组织规范化建设，时至今日仍然具有十分重要的意义。